Geboren und aufgewachsen in Hessen, geht Dirk Schäfer zunächst nach München, wo er bei Patricia Rommel den Beruf des Filmeditors erlernt.
In Berlin entsteht 1989 sein Debütfilm Die weißen Zwerge, der im Rahmen des Max-Ophüls-Filmfestivals in Saarbrücken mit dem Regiepreis ausgezeichnet wird. Es folgen zwei weitere von Schäfer inszenierte Spielfilme für das ZDF: Wilma wohnt weit weg und Achtundzwanzichtausend Wünsche werden auf dem Internationalen Filmfestival von San Sebastian uraufgeführt. Neben seiner langjährigen Weggefährtin und Co-Autorin Marie Schmitz sind darin u.a. Inge Keller und Georgette Dee zu sehen.
Für den SFB entsteht 1995 Schäfers erster abendfüllender Dokumentarfilm Alis Welt, eine Langzeitbeobachtung über den Alltag eines alevitischen Jugendlichen im türkisch geprägten Kreuzberger Kiez.
Ab 1996 verfolgt Schäfer eine Professionalisierung als Autor und Script-Consultant. Er ist zunächst für den Aufbau eines Pools für Drehbuchautoren innerhalb des Berliner Medienverlags „Felix Bloch Erben“ verantwortlich. In diese Zeit fällt seine Begegnung mit Neco Çelik, dessen Förderer er wird.
1999 lässt sich Schäfer von Bobette Buster, einer Koryphäe der University of Southern California im Bereich Script Development, an der Master School Drehbuch in Babelsberg zum Creative Producer ausbilden. Im Anschluss ist er für verschiedene Berliner Filmproduktionen als freier Producer tätig.
Seinen ersten Workshop leitet Dirk Schäfer 2002 an der Filmakademie Ludwigsburg zum Thema Film und Anarchie.
Zum Abschluss seines Weiterbildungsstudiums an der Kölner Kunsthochschule für Medien realisiert Schäfer 2004 in Istanbul den Kurzspielfilm Lâl, der auf zahlreichen internationalen Festivals zu sehen ist. Es ist die erste Produktion der von Schäfer gegründeten Firma HALUKÖR STUDIO.
Eine Meisterklasse an der Filmschule des legendären Regisseurs Andrzej Wajda in Warschau rundet 2005 die Ausbildung ab.
Ab 2006 lebt und arbeitet Dirk Schäfer in der Türkei, vorwiegend in Istanbul, wo er bis 2010 im Studienzweig Film and Television an der privaten Bilgi Universität unterrichtet. Im Mittelpunkt seiner Kurse, die im Rahmen eines Bachelor-Programms stattfinden, stehen Grundlagen der Videoproduktion und der Filmmontage. Darüberhinaus initiiert Schäfer einen Dokumentarfilmkurs, der auch internationalen Austauschstudenten verschiedenster Disziplinen offensteht und übernimmt ab 2008 die Leitung der Diplomklassen.
Parallel zur Lehrtätigkeit realisiert Schäfer von 2009 bis 2010 im Auftrag der EU-Delegation mehrere Dokumentarfilme, die sich thematisch mit dem Aufbau von Kulturzentren in verschiedenen Großstädten im Osten der Türkei (EKOSEP), sowie der Betreuung von Straßenkindern (IGEP) in den Metropolen des Landes widmen.
Für die Reihe „Entdeckungen“ des deutsch‐französischen Senders Arte dreht Schäfer im gleichen Jahr den Dokumentarfilm Von Mülleseln und Seifenfrauen, ein Porträt der Stadt Mardin, dessen lange Version 2010 unter dem Titel And they live in Mardin im Rahmen des Internationalen Filmfestivals in Istanbul uraufgeführt wird.
2012 wird Eine Art Liebe, das Porträt eines jungen Kurden, der um Selbstbestimmung kämpft, im Wettbewerb des DOK Leipzig Filmfestivals uraufgeführt und mit einer lobenden Erwähnung als herausragender deutscher Dokumentarfilm bedacht.
Anschließend kehrt Schäfer partiell nach Deutschland zurück, wo er u.a. die Dokumentation Der heiße Monat für einen Programmschwerpunkt des Bayerischen Rundfunks zum Thema „Ramadan“ realisiert.
Im Juli 2017 wird Schäfers dokumentarisches Filmessay Beine wie ein Storch über Edzard Reuters Jahre im türkischen Exil in der Berliner Akademie der Künste uraufgeführt.
In Kooperation mit der Kirch Stiftung und der bayerischen Landesstiftung „art131“ engagiert sich Dirk Schäfer 2017/18 an der Münchner Filmhochschule als Gastdozent für Workshops mit geflüchteten Jugendlichen, bei denen vier Kurzfilme entstehen, die unter dem Titel Forever Flüchtling an bayerischen Schulen gezeigt und diskutiert werden.
Im Sommer 2019 vollendet Schäfer die Arbeit an Bekar Evi – Das Junggesellenhaus, einer Docufiction im Auftrag von ZDF/Arte, die im Rahmen von DOK-Leipzig uraufgeführt wird.
Anschließend realisiert Dirk Schäfer die Dokumentation Was Bleibt für den Bayerischen Rundfunk über die Arbeit von Jörg Skriebeleit und seinem Team in der KZ-Gedenkstätte Flossenbürg. Die Ausstrahlung erfolgt im April 2020, anlässlich des 75. Jahrestages der Befreiung der Konzentrationslager in Deutschland.